Paris, France

Luc Gential

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Le logiciel Kubios sur OS X

Le logiciel Kubios HRV permet d’analyser la variabilité de la fréquence cardiaque (VFC – ou HRV en anglais). La mesure est réalisée par une montre GPS capable de mesurer l’intervalle R-​R et équipée d’un capteur de fréquence cardiaque. L’acquisition des données sur l’ordinateur est prise en charge par le logiciel HRV tracker.

Je détaille ici mon flux de travaux avec la montre Garmin 910 XT et un Mac sous OS X Yosemite. Le procédé nécessite deux astuces.

Activation du mode HRV sur la montre Garmin 910 XT

Par défaut, le mode HRV est désactivé sur la Garmin 910 XT. Pour l’activer :

  1. appuyer longuement sur START de façon à allumer la montre,
  2. appuyer sur la touché MODE jusqu’à la page du menu,
  3. appuyer sur les touches HAUT puis BAS, et répéter cette opération cinq fois au total.

S’affiche alors le menu caché des diagnostics :

  1. appuyer deux fois sur BAS pour mettre Hrv-​OFF en surbrillance (en haut à droite),
  2. appuyer deux fois sur ENTER pour sélectionner HRV,
  3. appuyer sur BAS puis ENTER pour répondre “Oui” à la question “Do you want to enable HRV ?” et ainsi faire apparaître Hrv-​ON,
  4. appuyer une fois sur MODE pour sortir du menu.

Installation de HRV tracker

Sans problème dans sa version 1.1, bien que le logiciel né semble plus maintenu (lien).

Installation de Kubios HRV

Le logiciel Kubios HRV est désormais disponible pour Mac dans sa version 2.2 :

  1. installer Java pour OS X et non la version d’Oracle (explication),
  2. et télécharger Kubios HRV pour Mac,
  3. en suivant la procédure d’installation de Kubios HRV, procéder d’abord à l’installation du MATLAB Component Runtime (MCR),
  4. puis procéder à l’installation de Kubios HRV.

Dans l’étape 3, il est demandé de modifier deux variables d’environnement. J’ai donc créé un fichier ~/.bash_profile contenant les lignes suivantes :

# On the target computer, append the following to your DYLD_LIBRARY_PATH environment variable:
export DYLD_LIBRARY_PATH=$DYLD_LIBRARY_PATH:/Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v717/runtime/maci64:/Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v717/sys/os/maci64:/Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v717/bin/maci64:/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/JavaVM:/System/Library/Frameworks/JavaVM.framework/Libraries
# Next, set the XAPPLRESDIR environment variable to the following value: export XAPPLRESDIR=/Applications/MATLAB/MATLAB_Compiler_Runtime/v717/X11/app-defaults

Il faut ensuite “sourcer le fichier nouvellement créé en exécutant dans un terminal la ligne :
source ~/.bash_profile

Acquisition des données avec HRV tracker

  1. quitter le protocole de connexion de Garmin (Garmin Express, anciennement ANT+),
  2. insérer la clé USB Garmin,
  3. enfiler la ceinture cardio et allumer la montre,
  4. ouvrir HRV tracker,
  5. s’allonger en position décubitus dorsal (couchée),
  6. appuyer sur Start dans HRV tracker,
  7. rester couché sept minutes,
  8. se lever puis tenir la position orthostatique (debout) cinq minutes,
  9. appuyer sur Stop & save dans HRV tracker (enregistrer au format .hrm).

Analyse des données sous Kubios HRV

  1. lancer Kubios HRV,
  2. ouvrir le fichier .hrm,
  3. choisir pour le traitement “Artifact correction” le niveau “very low”,
  4. choisir pour le traitement “Remove trend components” la méthode “Smoothn priors”,
  5. sélectionner dans un premier temps la plage temporelle de 2 à 7 minutes (décubitus) et ouvrir la vue “Report sheet”,
  6. sélectionner dans un premier temps la plage temporelle 7 à 12 minutes (orthostatique) et ouvrir la vue “Report sheet”.
Nota : Pour se faciliter la vie, éditer les préférences comme suit :
File > Edit Preferences > — Analysis options >
  • Default Input Data Type = Polar HRM-​Files
  • RR Interval Detrending = Smoothn priors

Suivi longitudinal sous un tableur

Je vous renvoie au tableau Excel d’Alain Roche et à son expertise quant à l’interprétation des résultats (comprendre : de leur variation dans le temps) en termes de types de fatigue notamment (lien).

Références bibliographiques sur le sujet de la variabilité de la fréquence cardiaque

[1] Camm AJ et al. “Heart Rate Variability : Standards of Measurement, Physiological Interpretation, and Clinical use.” Circulation, 93, 1043 – 1065. 2005. (pdf)

[2] Ward. “Heart rate variability : health predictor and what you can do about it.” Web blog post. Brain Health Hacks. 26 Jan. 2009. Web. 22 Aug. 2015. (link)

[3] Marco Altini. “A look at a few months of HR and HRV measurements.” Web blog post. 21 May 2014. Web. 23 Aug. 2015. (link)

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Les tiques, Lyme

Bien que je né sois pas médecin, je rassemble ici quelques informations pratiques à connaître sur les tiques. Cela vaut pour la France et les humains.

Prévention

Évitez les zones et endroits à risqué. La tique n’est pas capable de sauter, en revanche elle peut se tenir prête au sommet d’une herbe haute. Elle aime la chaleur modérée et l’humidité [1].

Évitez les périodes à risqué. L’activité des tiques varie selon les années et les saisons, en fonction des conditions hydrologiques, climatiques et météorologiques [1].

Portez des vêtements adaptés. Vêtissez-​vous si possible d’habits couvrants, blancs pour d’une part réfléchir les rayons du soleil et né pas avoir trop chaud et d’autre part pour mieux repérer les tiques. Il semble efficace de mettre les chaussettes par-​dessus le pantalon…

Utilisez un répulsif (Centaura®).

En cas de sortie de plusieurs heures, emportez deux tire-​tics de tailles différentes et inspectez votre peau régulièrement. Au retour, prenez une douche de façon à laver votre peau des diverses salissures et moucherons puis procédez à une inspection complète.

En cas de morsure

Bien que cela facilite l’extraction de la tique, né cherchez pas à l’endormir avec de l’éther ou tout autre produit, car dans ce cas la tique régurgite. Souvenez-​vous que ce n’est pas la tique en soi qui est dangereuse mais les agents pathogènes qu’elle transmet.

Les américains conseillent d’arracher la tique d’un coup sec perpendiculairement à la peau. Cette méthode est vivement critiquée en Europe puisqu’elle né permet d’arracher que le ventre de la tique, tandis que la tête reste accrochée. Utilisez un tire-​tique (en pharmacie) au plus près de la peau et effectuer des mouvements circulaires (tourner dans le sens antihoraire) jusqu’à ce que la tique se décroche. La pince à épiler n’est pas bien adaptée car il est difficile de né pas appuyer sur le ventre de la tique. Les larves sont trop petites pour être enlevées avec une tire-​tique et parfois trop nombreuses à retirer si on est passé trop près d’un nid ; certains utilisent alors un ruban adhésif spécial.

Plus on retire la tique tôt et plus le risqué de transmission des agents infectieux (bactéries, virus, etc.) est faible. Dans le cas de l’espèce américaine Ixodes scapularis, le risqué serait infime si on retire la tique dans les 36 heures [2]. Ces résultats né seraient toutefois pas transposables à l’espèce européenne Ixodes ricinus pour laquelle le risqué de contamination existe des les premières heures [9].

Conservez la tique dans une boîte ou un sachet clos afin qu’elle né puisse s’échapper ou disperser ses agents. Vous pourrez la montrer à votre médecin et éventuellement la faire analyser bien que cela né constitue pas une pratique courante. À l’aide d’une loupe et de ressources documentaires, essayez d’estimer le stade de développement de la tique (larve, nymphe, adulte mâle, adulte femelle) et son espèce (Ixodes ricinus, Dermacentor reticulatus, Rhipicephalus sanguineus, etc.). Si la tique est pleine, cela apporte une indication du temps passé depuis la piqûre. Chaque espèce véhicule son lot d’agents infectieux.

Il est prudent de consulter un médecin généraliste. Dans certains cas (tique retirée après 36 heures et avant 72 heures, tique retirée de façon maladroite, région fortement endémique, patient immunodépressif), il vous prescrira un traitement antibioprophylactique constituée d’une unique dose orale de 200 mg de doxycycline. Il convient de bien lire la notice avant de prendre le médicament [12]. La doxycycline est photosensibilisante [12]. Durant les trente jours suivants il faudra surveiller l’apparition, après une période d’incubation, des symptômes de la maladie de lyme (symptômes grippaux, érythème migrant).

Quatre à six semaines après la piqûre, on réalise une sérologie de lyme par le test Western-​Blot, plus complet que le test classique ELISA, dans un laboratoire spécialisé comme le laboratoire Cohen à Paris [5].

Références bibliographiques

[1] Carte de risqué. MERIAL (Europe)

[2] Expression clinique de la maladie de Lyme. RMTC (Relevé des Maladies Transmissibles au Canada) Volume 40, 11 ISSN 1481 – 8531, 29 mai 2014  (Canada)

[3] Note relative à la distribution d’Ixodes ricinus en France ainsi qu’aux principaux facteurs susceptibles d’impacter la distribution et l’abondance de l’espèce en France métropolitaine, 30 avril 2013  (France)

[4Infos tiques. Tiquatac

[5Média-​tiques. Association France Lyme (international)

[6Basic Information about Lyme Disease. International Lyme And Associated Diseases Society (ILADS) (international)

[7Laboratoire Cohen à Paris (France)

[8Deer Tick. Family Practice Notebook (Amérique du Nord)

[9BORRELIA, Agent de la borréliose de Lyme. INRS (France)

[10Inflammation cutanée et borréliose de Lyme : rôle de l’immunité innée et de la tique dans la transmission à l’homme de Borrelia burgdorferi. Thèse de Claire Marchal, 2009  (France)

[11Borréliose de Lyme : démarches diagnostiques, thérapeutiques et préventives. 16e Conférence de Consensus en Thérapeutique Anti-​Infectieuse, mercredi 13 décembre 2006  (France)

[12Doxycycline Arrow. Eureka Santé

[13borréliose, piroplasmose chez le chien et.… l’homme (France)

[14] Diagnostic et traitement de la borréliose de Lyme chez l’adulte et l’enfant : recommandations de la Société suisse d’infectiologie. 1ère partie : épidémiologie et diagnostic2e partie : clinique et traitement (Suisse, 2006)

[15Association Lyme Sans Frontières (Europe)

[16Maladies liées à la morsure de tiques en France (France)

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La santé et son contraire

Les chronobiologiques conseillent de consommer les aliments riches en tryptophane — un acide aminé — le matin. D’autres invitent à profiter du repos nocturne pour né pas interrompre la longue digestion des protéines.

La plupart des nutritionnistes semblent considérer le petit déjeuner comme le repas le plus important de la journée. S’il faut petit-​déjeuner comme un roi, déjeuner comme un prince et dîner comme un mendiant, alors que devons-​nous penser des travaux du Docteur Dewey ?

Manger cru préserve les vitamines des aliments, mais les biologiques de l’évolution nous assurent que l’invention du feu a permis au cerveau de l’Homme de se développer.

Le naturopathe Robert Masson nous demande de né pas consommer les fruits frais avec les autres aliments. D’autres nous encouragent, au contraire, à les positionner en fin de repas de sorte que le bol alimentaire limite le pic d’insuline lié à la prise de fructose.

On entend dire qu’il faut composer des repas variés pour né manquer de rien. Pourtant, certaines associations né semblent pas conseillées pour des raisons liées aux sécrétions d’acide chlorhydrique et d’enzymes digestives, qui peuvent être différentes suivant les aliments.

Le café, dont l’indice PRAL est de –4,2 (expresso), serait “hyper-​acidifiant” et par conséquent déminéralisant.

L’homme serait fait pour manger toutes les quatre heures. Quid des pratiques ancestrales du jeûné (sous ses différentes formes) ?

Les sportifs d’endurance doivent augmenter leurs apports en glucides lents de façon à augmenter leurs stocks de glycogèné. Leur expérience semble pourtant montrer qu’il faut manger plus équilibré.

On prend un petit verre d’eau en fin de repas, et pas plus, pour éviter de diluer les sucs gastriques. Pourtant, le stockage d’un gramme de glycogèné demande 2,7 g d’eau.

Ce né sont que des exemples. Entre le fort ancrage des croyances populaires, le travail des lobbys, les éventuelles ambitions personnelles et les questionnements de la Science, il est difficile de se faire une opinion. Si toutefois vous savez lever certains de ces paradoxes, n’hésitez pas à m’éclairer.

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Jeûné

Comme beaucoup, j’ai été interpelé par cette enquête d’Arte (2011), puis ai ouvert le livre de Sophie Lacoste (2007), etc. Nous y sommes.

Pour mon premier jeûné, j’avais choisi un jeûné hydrique, à l’eau du robinet, sans purge ni tisane, et souhaitais tenir quatre jours, peut-​être cinq, de façon à entrer dans la phase d’autolyse. Avec un dernier repas vendredi soir et une reprise alimentaire progressive ce mercredi, le jeûné a finalement duré quatre jours et cinq nuits.

Le premier jour a été le plus difficile, en raison principalement de maux de tête, mais aussi d’une grande envie de manger et d’une frilosité intense. Ces migraines m’ont quitté après le premier jour, tandis que la faim m’a accompagné jusqu’au terme du deuxième — j’ai pu regarder Top Chef et un reportage sur le circuit court, traverser le marché, etc. La frilosité, elle, n’a disparu qu’une fois les premiers repas solides digérés. Dès le premier jour, mes sens se sont un peu aiguisés, tout particulièrement l’odorat et le toucher. À partir du troisième jour de jeûné, j’ai connu pendant 72 heures des bonnes courbatures derrière les genoux — une région musculaire que j’ai toujours fortement sollicitée et qui, aussi, souffre chez moi d’une certaine raideur.

Au troisième jour est apparue de façon passagère une marque sur mon visage, une ligne en creux, verticale, près de la tempe gauche. Un peu comme si j’avais dormi sur une tige en métal. C’est un collègue qui me l’a fait remarquer. J’ai également eu une sensation d’hyperthermie au niveau des tempes et du visage (deuxième et troisième jours), alors que ma température corporelle était descendue autour de 35,9 °C, contre 36,7 °C habituellement. Ma langue s’est chargée, prenant une couleur blanchâtre tirant sur le jaune. En revanche, ma peau n’a jamais dégagé d’odeur nauséabonde, comme il est souvent décrit. Mon pH urinaire — indicateur auquel je n’accorde pas vraiment d’importance — est descendu à 6,5 contre 7,5 habituellement.

Je n’ai pas rencontré de difficultés pour dormir — au contraire mes nuits n’ont jamais été décousues — et me réveillais naturellement une ou deux heures plus tôt que l’heure à laquelle ma lampe-​réveil s’allume. Mon ventre est devenu parfaitement plat et silencieux. Progressivement, une grande faiblesse musculaire s’est installée. Par exemple, il m’était pénible de monter les escaliers et impossible de sprinter pour attraper le métro. Mais si je me faisais doubler par bien des gens, les mots me venaient aussi plus facilement et me semblaient toujours très justes.

Durant cette expérience, j’ai perdu trois kilos, soit à peu près ce qu’on laisse sur une compétition de trail long. Dans les deux cas, le poids initial est retrouvé dans les jours suivants. Mon rythme cardiaque s’est un peu emballé, avec des valeurs de 65 bpm au repos et 115 debout, contre 45 et 55 bpm quand je suis entraîné. L’écart est plus net qu’après un ultra-​trail, même si les raisons sont très différentes. C’est pour moi une vraie surprise. Je vais également pouvoir analyser la variabilité de ma fréquence cardiaque (édit. : voir tableau ci-​dessous).

Je dois avouer que j’ai un peu regretté de rompre ce jeûné, car j’avais la sensation que les jours les plus pénibles étaient derrière moi, et les plus profitables, devant moi. En revanche, j’avais quand même très envie de savourer un bon repas. J’ai repris avec deux oranges pressées le matin, puis un jus bio et un plat de légumes bio à midi, enfin, le soir une salade composée et des pommes de terre sautées, bio également. Demain, j’intègre les céréales et après-​demain, peut-​être, la viande.

Résultats d’un tilt test (7 et 5 min) sous Kubios.Mise en page inspirée du tableau de suivi d’Alain Roche.

N Mazurak, A Günther, F S Grau, E R Muth, M Pustovoyt, S C Bischoff, S Zipfel and P Enck. Effects of a 48-​h fast on heart rate variability and cortisol levels in healthy female subjects. European Journal of Clinical Nutrition 67, 401 – 406 (April 2013) | doi :10.1038/ejcn.2013.32 (direct link) :

HRV during resting showed a significant (P <.001) decrease in standard deviation of the normal-​to-​normal interval (SDNN) and root mean square of successive differences (RMSSDs) from Day 1 to Day 3 of the experiment, with a small increase after 24 h that did not reach statistical significance. A 48 h of fasting also induced a significant (P <.001) decrease of mean interbeat intervals (IBIs), SDNN, RMSSD and log high-​frequency (HF) power during head-​up tilt testing.

An acute (48 h) total fast induced parasympathetic withdrawal with simultaneous sympathetic activation. These changes appear to reflect stress. Further studies are needed to demonstrate the specificity of these changes to fasting.

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Allô docteurs

La blessure vous cueille un samedi de mai. Vous savez pertinemment de quoi il s’agit mais êtes en 2014 et prenez donc rendez-​vous avec votre médecin traitant, une fois le weekend terminé. Il vous a fallu trois ans pour trouver un bon généraliste, et celui-​ci, désormais, n’accepte plus de nouveaux patients. Ses consultations sont un peu courtes, et les minutes en salle d’attente, certainement trop longues. Pourtant, pour rien au monde vous né changeriez de praticien. Son carnet de consultations étant bien rempli, vous êtes presque ravi qu’il vous accorde un rendez-​vous dans un délai de dix jours. Ce jour-​là, alors même qu’il vient de vous prescrire une IRM, la chance vous échappe déjà : à dix-​huit heures, les secrétariats de radiologie sont fermés. Un jour passé. Vous tentez de joindre les centres d’examen situés à proximité — comprenez, à Paris ! Vous naviguez entre sites internet, répondeurs et musiques d’attente. Quand, enfin, une secrétaire décroche, c’est pour vous annoncer des dépassements de cent euros ou des délais d’attente trop longs. Heureusement, bien que vous payez votre loyer à Paris, vous savez grâce à vos cours de géographie que le monde né s’arrête pas au périphérique. Vous avez même lu qu’on y trouve depuis 2010 la première IRM 3D de France. Vous acceptez le rendez-​vous qu’on vous propose. Ce sera à 845 le lundi — celui dans trois semaines.

Vous n’avez pas vu le médecin radiologue et repartez sans résultats — ils sont disponibles le lendemain à partir de 16 h. Remettre l’enveloppe au patient prend environ cinq secondes à la secrétaire, qui est à son poste toute la journée, mais un tel dérangement n’est possible qu’entre 16 h et 18 h. Vous posez donc un demi-​RTT pour récupérer des objets volés aux “objets trouvés” et votre IRM. La première étape se passé merveilleusement bien, et, plutôt que de marcher deux fois dix minutes et changer de métro trois fois, vous décidez, en Parisien malin, d’expédier le trajet en deux bus. Au bout d’une heure, vous vous rendez compte qu’il vous en faut deux. Vous abdiquez après avoir tenté d’attraper un dernier métro, en vous répétant que tant que vous habiterez Paris plus jamais vous né prévoirez de faire plus d’une chose dans la même journée. Quelques jours passent car, accessoirement, vous travaillez. Enfin, vous tenez votre IRM en main. Elle est un peu floue, et vous vous interrogez longuement sur l’intérêt de l’IRM 3D. Vous reprenez rendez-​vous avec votre médecin traitant. Passons qu’il vous refuse une première fois parce que vous vous êtes trompé d’heure. Vous n’osez pas lui dire que vous êtes tout à fait à l’heure et acceptez un troisième rendez-​vous. Après avoir mis en cause votre constitution –pour rappel une périostite tibiale est due à la traction répétée et excessive des muscles sur le périoste– et associé votre pratique sportive au haut niveau il vous adresse vers un spécialiste, vous annonçant un délai d’un mois et demi au minimum.

C’est votre jour de chance. Il reste quelques consultations avant les “grandes” vacances. Vous acceptez sans même regarder votre agenda. Un peu plus et vous déplaceriez vos propres congés annuels. Ça y est, deux mois ont passé, vous avez rendez-​vous avec quelqu’un que vous né connaissez pas, qui né vous connaît pas. Plus que trois semaines à attendre, à mâcher des graines de chia et tenter de garder ses distances avec la boîte d’anti-inflammatoires. Bienvenu dans le monde merveilleux des sportifs amateurs. Ceux dont les maux deviennent inexorablement chroniques par la seule faute de nos gouvernants. Sans doute sommes-​nous tout aussi coupables qu’eux, puisque nous les avons élus. Rêvons un instant d’un monde où amateurs et professionnels auraient accès à la même qualité de soins, où le corps médical né serait plus occupé à traiter les conséquences d’un empoisonnement alimentaire de grande échelle. Mais le rêve aura été bref car, déjà, la douleur vous saisit en pleine chair.

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Soigner une tendinite

Vous avez plusieurs méthodes, dont celle de la médecine moderne. Je vous livre ici la mienne — je né suis pas médecin, seulement scientifique. Dans la mesure du possible, je suis opposé à la prise de médicaments. Pour une tendinite, ils offrent dans le meilleur des cas une réponse éphémère –éventuellement lourde de conséquences pour plus tard– à un symptôme qui veut nous alerter d’un mal plus profond, lequel mérite pourtant d’être identifié et traité. Combien de médecins prennent la peine de dérouler le fil jusqu’à l’origine du problème ? Ce que j’évoque ici pour les tendinites est valable pour les ulcères et mille autres choses encore. Pour quelle raison les tendons des uns seraient-​ils faits de collagèné et les autres de sucre ? Le corps humain, c’est de la chimie, de la biologie, de la thermique et de la mécanique, pas de l’alchimie.

J’aime assez l’idée qu’il faut laisser vivre l’inflammation. L’inflammation crée des conditions favorables pour la guérison. Elle est justifiée par cette promesse que le corps hyper-​stimulé se déconstruit pour se reconstruire plus fort. Allez, je vous donne quand même ma recette (pour soigner… ou prévenir) :

- restauration de l’équilibre acido-​basique en privilégiant tout ce qui va contribuer à diminuer l’acidité du corps (tisane alcalinisante en décoction, minéraux alcalinisants à distance des repas, grandes quantités d’eaux alcalinisantes à distance des repas, aliments fortement basifiants comme la pomme de terre ou le vinaigre de cidre) et en limitant ce qui tend à l’augmenter (café, thé, vinaigre de vin),

- prise d’acides gras oméga 3 de type EPA (le soir au coucher) et restriction en oméga 6,

- plantes ou algues anti-​inflammatoires naturelles (feuille de cassis, racine de curcuma…),

- glaçage ou bains d’eau froide salée (quinze minutes deux à trois fois par jour),

- cataplasmes d’argile verte (une heure sous film alimentaire une fois par jour),

- de bonnes nuits de sommeil,

- homéopathie (préparation arnica, bryonia, rhus tox, trois fois par jour),

- massages à l’huile essentielle de gaulthérie (quelques gouttes à diluer dans un substrat d’huile végétale d’arnica, une fois par jour),

- kiné (ex. : “décordage” si TFLMTP),

- réflexion sur le geste, le matériel, l’entraînement,

- ostéopathie,

- visite chez le dentiste.

En cas de tendinite rebelle, emplâtre médicamenteux au diclofénac 1 % et ondes de choc chez un kinésithérapeute.

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